Schloesser, Madita, Kartashev, Vladimir V., Mikkola, Visa H., Shemshura, Andrey ORCID: 0000-0003-1637-4229, Saukhat, Sergey, Kolpakov, Dmitriy, Suladze, Alexandr, Tverdokhlebova, Tatiana, Hutt, Katharina, Heger, Eva, Knops, Elena
ORCID: 0000-0001-7398-3026, Boehm, Michael, Di Cristanziano, Veronica, Kaiser, Rolf, Sonnerborg, Anders, Zazzi, Maurizio
ORCID: 0000-0002-0344-6281, Bobkova, Marina
ORCID: 0000-0001-5481-8957 and Sierra, Saleta
(2020).
HIV-1 Sub-Subtype A6: Settings for Normalised Identification and Molecular Epidemiology in the Southern Federal District, Russia.
Viruses-Basel, 12 (4).
BASEL:
MDPI.
ISSN 1999-4915
Abstract
Russia has one of the largest and fastest growing HIV epidemics. However, epidemiological data are scarce. Sub-subtype A6 is most prevalent in Russia but its identification is challenging. We analysed protease/reverse transcriptase-, integrase-sequences, and epidemiological data from 303 patients to develop a methodology for the systematisation of A6 identification and to describe the HIV epidemiology in the Russian Southern Federal District. Drug consumption (32.0%) and heterosexual contact (27.1%) were the major reported transmission risks. This study successfully established the settings for systematic identification of A6 samples. Low frequency of subtype B (3.3%) and large prevalence of sub-subtype A6 (69.6%) and subtype G (23.4%) were detected. Transmitted PI(8.8%) and NRTI-resistance (6.4%) were detected in therapy-naive patients. In therapy-experienced patients, 17.3% of the isolates showed resistance to PIs, 50.0% to NRTI, 39.2% to NNRTIs, and 9.5% to INSTIs. Multiresistance was identified in 52 isolates, 40 corresponding to two-class resistance and seven to three-class resistance. Two resistance-associated-mutations significantly associated to sub-subtype A6 samples: A62VRT and G190SRT. This study establishes the conditions for a systematic annotation of sub-subtype A6 to normalise epidemiological studies. Accurate knowledge on South Russian epidemiology will allow for the development of efficient regional frameworks for HIV-1 infection management.
Item Type: | Journal Article | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Creators: |
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URN: | urn:nbn:de:hbz:38-338134 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DOI: | 10.3390/v12040475 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Journal or Publication Title: | Viruses-Basel | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Volume: | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number: | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Date: | 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Publisher: | MDPI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Place of Publication: | BASEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ISSN: | 1999-4915 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Language: | English | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Faculty: | Unspecified | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Divisions: | Unspecified | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Subjects: | no entry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Uncontrolled Keywords: |
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URI: | http://kups.ub.uni-koeln.de/id/eprint/33813 |
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