Wielert, Isabelle
ORCID: 0000-0002-7259-3883
(2025).
Interplay between bacterial adhesion and antibiotic tolerance.
PhD thesis, Universität zu Köln.
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Abstract
Aggregation has been shown to play a key role when bacteria protect themselves from external stresses. Neisseria gonorrhoeae, a biofilm-forming pathogen, which is responsible for the second-most common sexually transmitted disease, gonorrhea, poses a critical public health concern due to its multidrug resistance. Tolerance, by means of prolonged survival times under high dose antibiotic treatment, promotes the emergence of resistance. However, the underlying mechanisms of tolerance remain unknown. Gonococci form aggregates by attractive interactions of single cells mediated by type IV pili (T4P). It is unclear how T4P control the physical properties of bacterial colonies and how these properties are linked to antibiotic tolerance. In this thesis, we investigated the effect of antibiotics on T4P dynamics and cell-to-cell interactions. To this end, we developed a fluorescence-based method for direct visualisation of T4P, as well as a laser tweezers-based approach to characterise T4P-mediated interaction dynamics under external stress conditions. Using a self-developed semi-automated image analysis pipeline, we found that, without stress, pili are produced at an impressively high rate of approximately 200 pili per minute. The application of external stress, including antibiotic treatment, reduced both the production rate and the dynamics of T4P. Optical tweezers experiments further revealed that attractive interactions between cells are modulated by antibiotic treatment. Specifically, an increase in binding and retraction probabilities leads to reduced colony fluidity, whereas a decrease in these parameters results in increased fluidity. We conclude that T4P dynamics and production rates are strongly affected by external stress and influence cell-to-cell interactions. The T4P filament is composed of subunits, the major pilin being PilE. The surface of the T4P is constantly varied as PilE undergoes antigenic variation, a mechanism also known to facilitate immune evasion. We investigated how antigenic variation of PilE affects bacterial lifestyle and antibiotic susceptibility. Image analysis of surface motility and transmission electron microscopy confirmed that all pilin variants support twitching motility and exhibit comparable levels of piliation. From structural predictions using AlphaFold, we predicted that different pilin variants have different stereochemistry, which affects cell-cell attraction. Indeed, double laser trap experiments confirmed that cell-to-cell interactions were altered. At the multicellular level, weakly interacting variants adopted a planktonic lifestyle, while strongly interacting variants formed aggregates. By analysing the survival fraction of bacteria when treated with antibiotics, we found that antibiotic tolerance to ceftriaxone and ciprofloxacin is significantly reduced for planktonic bacteria and that aggregating variants are protected from antibiotic treatment. In conclusion, the stereochemical properties of PilE modulate cell-cell interactions, thereby determining bacterial lifestyle and influencing antibiotic tolerance. We aimed to identify the molecular mechanisms that contribute to aggregation-mediated tolerance and hypothesised that genes upregulated by aggregation would protect bacteria from antibiotic treatment. Transcriptome analysis revealed differential gene expression of pilin variants exhibiting either a planktonic or an aggregating lifestyle. We identified a prominent upregulation of pro-phage genes and genes associated with a shift towards anaerobic respiration in aggregating strains, consistent with the reduced growth rate they exhibit compared to planktonic variants. To assess functional relevance in antibiotic tolerance, deletion of the most up-regulated genes was tested in relation to bacterial survival under antibiotic treatment with ceftriaxone and ciprofloxacin. By measuring the killing kinetics of the deletion strains in either a planktonic or an aggregating pilin variant background, five genes involved in antibiotic tolerance were identified. In summary, gonococcal aggregation leads to differential expression of genes involved in antibiotic tolerance. Finally, we investigated the transition from microcolonies to mature biofilms of N. gonorrhoeae. Flow chamber experiments revealed that late-stage colonies undergo eversion, characterized by a directed outward flow of cells from the centre to the periphery, transporting live and dead cells to the surface. Based on the hypothesis that oxygen depletion at the colony centre reduces T4P density and thus cohesion, we propose that this local weakening of cohesion is the trigger for colony eversion. To test this, we analysed the spatio-temporal dynamics of single cells during colony maturation and found that eversion is initiated by the emergence of an expanding shell of hyper-motile cells originating from the centre. We conclude that eversion is triggered by reduced cohesion in the colony core as a result of oxygen depletion towards the centre of the colony. To summarise, this study elucidates the interplay between T4P dynamics, antigenic variation and antibiotic treatment in shaping bacterial lifestyles and mechanical properties of N. gonorrhoeae colonies. In particular, it demonstrates that aggregation is a key determinant of antibiotic tolerance.
| Item Type: | Thesis (PhD thesis) |
| Translated title: | Title Language Wechselwirkung zwischen bakterieller Adhäsion und Antibiotikatoleranz German |
| Translated abstract: | Abstract Language Aggregation spielt nachweislich eine wichtige Rolle, wenn Bakterien sich vor äußeren Belastungen schützen. Neisseria gonorrhoeae, ein biofilmbildender Erreger, der für die zweithäufigste sexuell übertragbare Krankheit, Gonorrhö, verantwortlich ist, stellt aufgrund seiner Multiresistenz ein ernstes Problem für die öffentliche Gesundheit dar. Toleranz, die durch längere Überlebenszeiten unter hochdosierter Antibiotikabehandlung erreicht wird, fördert die Entstehung von Resistenzen. Die zugrunde liegenden Mechanismen der Toleranz sind jedoch noch unbekannt. Gonokokken bilden Aggregate durch attraktiveWechselwirkungen einzelner Zellen, die durch Typ-IV-Pili (T4P) vermittelt werden. Es ist noch unklar, wie T4P die physikalischen Eigenschaften von Bakterienkolonien steuern und wie diese Eigenschaften mit der Antibiotikaresistenz zusammenhängen.
Zunächst untersuchten wir, wie die T4P-Dynamik und die Zell-Zell-Interaktionen durch eine Antibiotikabehandlung beeinflusst werden. Zu diesem Zweck entwickelten wir eine fluoreszenzbasierte Methode zur direkten Visualisierung von T4P sowie einen laserpinzettenbasierten Ansatz zur Charakterisierung der T4P-vermittelten Interaktionsdynamik unter externen Stressbedingungen. Mithilfe einer selbst entwickelten halbautomatischen Bildanalyse-Pipeline konnten wir feststellen, dass Pili ohne Stress mit einer beeindruckend hohen Rate von etwa 200 Pili pro Minute produziertwerden. Bei äußerem Stress, einschließlich einer Antibiotikabehandlung, wurden sowohl die Produktionsrate als auch die Dynamik von T4P reduziert. Optische Pinzettenexperimente zeigten außerdem, dass attraktive Interaktionen zwischen Zellen durch eine Antibiotikabehandlung moduliert werden. Insbesondere führt eine Erhöhung der Bindungs- und Rückzugswahrscheinlichkeit zu einer verringerten Fluidität der Kolonie, während eine Verringerung dieser Parameter zu einer erhöhten Fluidität führt. Daraus lässt sich schließen, dass die T4P-Dynamik und -Produktionsraten stark von externem Stress beeinflusst werden und einen Einfluss auf die Interaktionen zwischen den Zellen haben.
T4P setzen sich aus Untereinheiten zusammen, wobei das Hauptpilin PilE ist. Die Oberfläche von T4P wird ständig variiert, da PilE antigene Variationen erfährt, ein Mechanismus, von dem auch bekannt ist, dass er die Umgehung des Immunsystems erleichtert. Wir haben untersucht, wie sich die Antigenvariation von PilE auf die bakterielle Lebensweise und Antibiotikaempfindlichkeit auswirkt. Die Bildanalyse der Oberflächenmotilität und die Transmissionselektronenmikroskopie bestätigten, dass alle Pilin-Varianten die Zuckungsmotilität unterstützen und ein vergleichbares Niveau der Pilierung aufweisen. Anhand von Strukturvorhersagen mit Alpha-Fold sagten wir voraus, dass verschiedene Pilin-Varianten eine unterschiedliche Stereochemie aufweisen, die die Zell-Zell-Attraktion beeinflusst. In der Tat bestätigten Doppellaserfallen-Experimente, dass die Zell-Zell-Interaktionen verändert waren. Auf der multizellulären Ebene nahmen schwach interagierende Varianten einen planktonischen Lebensstil an, während stark interagierende Varianten Aggregate bildeten. Durch die Analyse des Überlebensanteils der Bakterien bei der Behandlung mit Antibiotika haben wir festgestellt, dass die Antibiotikatoleranz gegenüber Ceftriaxon und Ciprofloxacin bei planktonischen Bakterien deutlich verringert ist und dass aggregierende Varianten vor einer Antibiotikabehandlung geschützt sind. Wir schließen daraus, dass die stereochemischen Eigenschaften von PilE die Zell-Zell-Interaktionen modulieren und somit die bakterielle Lebensweise und damit auch die Antibiotikatoleranz beeinflussen.
Wir wollten die molekularen Mechanismen identifizieren, die zur aggregationsvermittelten Toleranz beitragen, und stellten die Hypothese auf, dass Gene, die durch die Aggregation hochreguliert werden, Bakterien vor einer Antibiotikabehandlung schützen würden. Die Transkriptomanalyse ergab eine unterschiedliche Genexpression von Pilin-Varianten, die entweder eine planktonische oder eine aggregierende Lebensweise aufweisen. Wir stellten eine auffällige Hochregulierung von Pro-Phagen-Genen und Genen fest, die mit einer Verschiebung hin zur anaeroben Atmung in aggregierenden Stämmen verbunden sind, was mit der geringeren Wachstumsrate im Vergleich zu planktonischen Varianten übereinstimmt. Um die funktionelle Bedeutung für die Antibiotikatoleranz zu bewerten, wurde die Deletion der am stärksten hochregulierten Gene in Bezug auf das bakterielle Überleben unter antibiotischer Behandlung mit Ceftriaxon und Ciprofloxacin getestet. Durch Messung der Abtötungskinetik der Deletionsstämme entweder in einem planktonischen oder einem aggregierenden Pilin-Varianten-Hintergrund wurden fünf Gene identifiziert, die an der Antibiotikatoleranz beteiligt sind. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass die Aggregation von Gonokokken zu einer unterschiedlichen Expression von Genen führt, die an der Antibiotikatoleranz beteiligt sind.
Schließlich haben wir den Übergang von Mikrokolonien zu reifen Biofilmen von N. gonorrhoeae untersucht. In Strömungskammerexperimenten zeigte sich, dass Kolonien im Spätstadium eine Eversion durchlaufen, die durch einen nach außen gerichteten Zellfluss vom Zentrum zur Peripherie gekennzeichnet ist und lebende und tote Zellen an die Oberfläche transportiert. Ausgehend von der Hypothese, dass die Sauerstoffverarmung im Koloniezentrum die T4P-Dichte und damit den Zusammenhalt verringert, wird die Annahme aufgestellt, dass diese lokale Schwächung des Zusammenhalts der Auslöser für die Kolonie-Eversion ist. Um dies zu überprüfen, analysierten wir die räumlich-zeitliche Dynamik einzelner Zellen während der Reifung der Kolonie und stellten fest, dass die Eversion mit der Bildung einer sich ausdehnenden Hülle aus hypermotilen Zellen einhergeht, die vom Zentrum ausgeht. Wir kommen zu dem Schluss, dass die Eversion durch einen verminderten Zusammenhalt im Kern der Kolonie ausgelöst wird, der durch eine Sauerstoffverarmung im Zentrum der Kolonie entsteht.
Zusammenfassend lässt sich sagen, dass diese Studie das Zusammenspiel zwischen der T4P-Dynamik, der Antigenvariation und der Antibiotikabehandlung bei der Gestaltung der bakteriellen Lebensweise und der mechanischen Eigenschaften von N. gonorrhoeae-Kolonien verdeutlicht. Insbesondere wird gezeigt, dass die Aggregation eine Schlüsseldeterminante für die Antibiotikatoleranz ist. German |
| Creators: | Creators Email ORCID ORCID Put Code |
| URN: | urn:nbn:de:hbz:38-797116 |
| Date: | 2025 |
| Language: | English |
| Faculty: | Faculty of Mathematics and Natural Sciences |
| Divisions: | Faculty of Mathematics and Natural Sciences > Department of Physics > Institut für Biologische Physik |
| Subjects: | Natural sciences and mathematics Physics Life sciences |
| Uncontrolled Keywords: | Keywords Language bacterial mechanics UNSPECIFIED biofilms UNSPECIFIED optical traps UNSPECIFIED antibiotic tolerance UNSPECIFIED |
| Date of oral exam: | 28 July 2025 |
| Referee: | Name Academic Title Maier, Berenike Prof. Dr. Bollenbach, Tobias Prof. Dr. Allen, Rosalind Prof. Dr. |
| Refereed: | Yes |
| URI: | http://kups.ub.uni-koeln.de/id/eprint/79711 |
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https://orcid.org/0000-0002-7259-3883