Tran, Loc Thuy Nhu
ORCID: 0000-0001-8028-3829
(2026).
The Genetics of Adaptation in Arabidopsis species.
PhD thesis, Universität zu Köln.
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Abstract
As environmental change accelerates in the Anthropocene, a central challenge in evolutionary biology is understanding how populations respond to novel and rapidly changing conditions. Adaptation underpins whether species can persist and diverge under increasingly variable selective pressures. While adaptive potential is often inferred from phenotypic change or standing genetic variation, it remains unclear what determines the evolutionary “fuel” that enables sustained response. Using Arabidopsis species as model systems, this thesis examines the genetic basis of adaptation and how variation is generated and structured across biological scales, from life-history traits to gene expression and genomic interactions, with a particular focus on how genetic architecture shapes the pace and predictability of evolutionary change. The first study shows that variation in heat-induced secondary dormancy in Arabidopsis thaliana - an ecologically critical life-history trait - reflects local adaptation to climatic gradients and mediates population persistence under environmental uncertainty. In the second study, analyses of gene expression in natural populations of Arabidopsis lyrata reveal that although heritable expression variation is widespread, the amount of non-additive variance is substantial and shaped by past selection and genomic features. Adaptive potential at the molecular scale is therefore limited not by a lack of variation, but by functional and selective constraints. Finally, analyses of Arabidopsis lyrata hybrid populations in the third study demonstrate that genetic background can reshape the components of genetic variance. As hybrid outcomes are often shaped by context-dependent epistasis, the role of admixture in adaptation depends on the type of epistasis and how genetic variance components are reorganised within the genetic architecture. Together, this thesis conceptualises adaptive potential as an emergent population-level property arising from interactions among ecological traits, genetic architecture, molecular regulation, and environmental context. Adaptive potential depends not on the amount of variation present, but on its structure, heritability, and exposure to selection across evolutionary timescales.
| Item Type: | Thesis (PhD thesis) |
| Translated abstract: | Abstract Language Mit der Beschleunigung von Umweltveränderungen im Anthropozän steht die Evolutionsbiologie vor der zentralen Herausforderung, zu verstehen, wie Populationen auf neuartige und sich rasch verändernde Bedingungen reagieren. Die adaptive Kapazität entscheidet darüber, ob Arten unter zunehmend variablen Selektionsdrücken bestehen oder divergieren können. Obwohl das adaptive Potenzial häufig aus phänotypischen Veränderungen oder stehender genetischer Variation abgeleitet wird, ist bislang unklar, welche evolutionären Faktoren die Maschinerie antreibt, die eine langfristige Anpassungsreaktion ermöglicht. In dieser Dissertation werden Arabidopsis-Arten als Modellsysteme verwendet, um die genetischen Grundlagen von Adaptation zu untersuchen. Im Fokus steht dabei, wie genetische Variation auf unterschiedlichen biologischen Ebenen – von Lebenszyklusmerkmalen über Genexpression bis hin zu genomischen Interaktionen – generiert und strukturiert wird. Besonderes Augenmerk gilt der Frage, wie die genetische Architektur das Tempo und die Vorhersagbarkeit evolutionärer Veränderungen beeinflusst.
Die erste Studie zeigt, dass die Variation in der durch Hitze induzierten, sekundären Dormanz in Arabidopsis thaliana - ein ökologisch bedeutsames lebensgeschichtliches Merkmal – lokale Anpassung entlang klimatischer Gradienten widerspiegelt und zur Persistenz von Populationen unter Umweltunsicherheit beiträgt. In der zweiten Studie wird anhand von Genexpressionsdaten natürlicher Populationen von Arabidopsis lyrata deutlich, dass die erbliche Variation in der Expression weit verbreitet ist. Zugleich zeigt sich, dass ein erheblicher Anteil der Varianz nicht-additiv ist und durch frühere Selektion sowie genomische Eigenschaften geprägt wird. Das adaptive Potenzial auf molekularer Ebene wird somit weniger durch fehlende Variation begrenzt als durch funktionelle und selektive Einschränkungen. Die dritte Studie untersucht schließlich Arabidopsis lyrata Hybridpopulationen und zeigt, dass der genetische Hintergrund die Komponenten der genetischen Varianz tiefgreifend neu gestalten kann. Da hybride Ergebnisse häufig durch kontextabhängige Epistase bestimmt werden, hängt die Rolle von genetischer Admixtur für Anpassungsprozesse entscheidend davon ab, wie die Komponenten der genetischen Varianz innerhalb der genetischen Architektur reorganisiert werden.
Insgesamt konzeptualisiert meine Dissertation das adaptive Potenzial als eine emergente Eigenschaft auf Populationsebene, die aus dem Zusammenspiel ökologischer Merkmale, genetischer Architektur, molekularer Regulation und des Umweltkontexts hervorgeht. Adaptives Potenzial hängt dabei nicht von der bloßen Menge vorhandener Variation ab, sondern von deren Struktur, Erblichkeit und Exposition gegenüber Selektion über evolutionäre Zeitskalen hinweg. German |
| Creators: | Creators Email ORCID ORCID Put Code |
| URN: | urn:nbn:de:hbz:38-800527 |
| Date: | 11 March 2026 |
| Language: | English |
| Faculty: | Faculty of Mathematics and Natural Sciences |
| Divisions: | CEPLAS - Cluster of Excellence on Plant Sciences |
| Subjects: | Natural sciences and mathematics |
| Uncontrolled Keywords: | Keywords Language adaptation English gene expression English arabidopsis thaliana English arabidopsis lyrata English quantitative genetics English genetic variance English ecological genetics English adaptive potential English |
| Date of oral exam: | 11 March 2026 |
| Referee: | Name Academic Title de Meaux, Juliette Prof. Dr. Stetter, Markus Prof. Dr. |
| Funders: | Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG, German Research Foundation) |
| Projects: | EXC-2048/1-Project ID 390686111 |
| Refereed: | Yes |
| URI: | http://kups.ub.uni-koeln.de/id/eprint/80052 |
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https://orcid.org/0000-0001-8028-3829