Characterization of Zebrafish Class C Olfactory Receptor Gene repertoire

Kotagiri, Aswani Kumar (2006). Characterization of Zebrafish Class C Olfactory Receptor Gene repertoire. PhD thesis, Universität zu Köln. Open Access

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Abstract

To understand the sensory processing of olfactory information it is essential to determine the size and diversity of the olfactory receptor gene repertoire. In the current analysis we performed the genome datamining to estimate the Group C olfactory receptor gene repertoire in zebrafish. A total of 56 receptors were identified. To evaluate the putative receptors as olfactory genes molecular and histochemical studies have been employed. The expression of several genes was detected in the olfactory tissue by RT-PCR. We characterized one of the receptors which is conserved across several species and uniquely clusters with the outgroups in the phylogenetic comparison, unlike the other ORC receptors. This receptor exhibited an broad expression pattern in the olfactory epithelium of zebrafish suggesting that it is co-expressed with other endogenously expressed receptors. The specific expression of the genes for the members by RT-PCR analysis identified in this approach is reported. These results directs towards the theory that the Class C olfactory receptors might function as a complex of two or more receptors like that of taste receptors.

Item Type:

Thesis (PhD thesis)

Translated abstract:

Abstract

Language

Um die Mechanismen der Genregulation olfaktorischer Rezeptorgene zu untersuchen und das Ligandenspektrum olfaktorischer Rezeptoren zu erfassen, ist es notwendig, das Repertoire an Rezeptorgenen zu bestimmen. Der Zebrabärbling ist ein geeigneter Modellorganismus für diese Fragestellungen, da er im embryonalen Stadium transparent ist und ein genetischer Mutanten-Screen etabliert ist. Das Genom dieses Fisches ist nahezu komplett sequenziert und bietet einen weiteren Vorteil das Geruchssystem in diesem Organismus zu untersuchen. In der vorliegenden Arbeit habe ich Datenschürfung aus der Genomdatenbank betrieben um das Repertoire an olfaktorischen Rezeptorgenen der Klasse C zu bestimmen. Insgesamt wurden 56 Gene ermittelt. Um die Kandidatengene als olfaktorische Rezeptorgene zu identifizieren wurden molekulare und histochemische Methoden verwendet. Die Expression einiger Gene im olfaktorischen Gewebe wurde durch RT-PCR nachgewiesen. Ich habe einen dieser Rezeptoren, der über verschiedenste Speziesgrenzen hinweg konserviert ist und sich in der phylogenetischen Analyse einzigartigerweise von den Klasse C Rezeptorgenen abspaltet, charakterisiert. Das Expressionsmuster dieses Rezeptors erstreckt sich über das gesamte olfaktorische Epithel des Zebrabärblings, was nahelegt, dass er mit anderen endogen exprimierten Rezeptoren coexprimiert wird. Das lässt die Vermutung zu, dass die Klasse C Rezeptoren als Komplex mit zwei oder mehr Rezeptoren funktionieren, wie es bei den Geschmacksrezeptoren der Fall ist.

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