Gebauer, Niklas, Kuenstner, Axel, Ketzer, Julius, Witte, Hanno M., Rausch, Tobias ORCID: 0000-0001-5773-5620, Benes, Vladimir ORCID: 0000-0002-0352-2547, Zimmermann, Juergen, Gebauer, Judith, Merz, Hartmut, Bernard, Veronica, Harder, Lana, Ratjen, Katharina, Gesk, Stefan, Peter, Wolfgang, Busch, Yannik, Trojok, Peter, von Bubnoff, Nikolas, Biersack, Harald, Busch, Hauke and Feller, Alfred C. (2021). Genomic insights into the pathogenesis of Epstein-Barr virus-associated diffuse large B-cell lymphoma by whole-genome and targeted amplicon sequencing. Blood Cancer J., 11 (5). LONDON: SPRINGERNATURE. ISSN 2044-5385
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Epstein-Barr virus (EBV)-associated diffuse large B-cell lymphoma not otherwise specified (DLBCL NOS) constitute a distinct clinicopathological entity in the current World Health Organization (WHO) classification. However, its genomic features remain sparsely characterized. Here, we combine whole-genome sequencing (WGS), targeted amplicon sequencing (tNGS), and fluorescence in situ hybridization (FISH) from 47 EBV + DLBCL (NOS) cases to delineate the genomic landscape of this rare disease. Integrated WGS and tNGS analysis clearly distinguished this tumor type from EBV-negative DLBCL due to frequent mutations in ARID1A (45%), KMT2A/KMT2D (32/30%), ANKRD11 (32%), or NOTCH2 (32%). WGS uncovered structural aberrations including 6q deletions (5/8 patients), which were subsequently validated by FISH (14/32 cases). Expanding on previous reports, we identified recurrent alterations in CCR6 (15%), DAPK1 (15%), TNFRSF21 (13%), CCR7 (11%), and YY1 (6%). Lastly, functional annotation of the mutational landscape by sequential gene set enrichment and network propagation predicted an effect on the nuclear factor kappa B (NF kappa B) pathway (CSNK2A2, CARD10), IL6/JAK/STAT (SOCS1/3, STAT3), and WNT signaling (FRAT1, SFRP5) alongside aberrations in immunological processes, such as interferon response. This first comprehensive description of EBV + DLBCL (NOS) tumors substantiates the evidence of its pathobiological independence and helps stratify the molecular taxonomy of aggressive lymphomas in the effort for future therapeutic strategies.
Item Type: | Journal Article | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Creators: |
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URN: | urn:nbn:de:hbz:38-595826 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DOI: | 10.1038/s41408-021-00493-5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Journal or Publication Title: | Blood Cancer J. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Volume: | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number: | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Date: | 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Publisher: | SPRINGERNATURE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Place of Publication: | LONDON | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ISSN: | 2044-5385 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Language: | English | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Faculty: | Unspecified | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Divisions: | Unspecified | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Subjects: | no entry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Uncontrolled Keywords: |
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URI: | http://kups.ub.uni-koeln.de/id/eprint/59582 |
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