Palitzsch, Katja Maria
ORCID: 0000-0002-6292-4925
(2025).
Origin and fate of duplicated genes
Three case studies from fish, birds and beetles.
PhD thesis, Universität zu Köln.
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PDF (Inaugural Dissertation zur Erlangung des Doktorgrades der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät der Universität zu Köln)
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Abstract
In the framework of evolution, genomes are highly dynamic systems, shaped by a large variety of mechanisms of gene gain, diversification and loss driving adaptation to envi- ronmental conditions of living organisms. This thesis provides a comparative analysis of the origin, fate, and evolutionary significance of duplicated genes, illustrated through three case studies in fish, birds, and beetles. The introductory chapters summarize the theory on molecular evolution, focusing on mechanisms such as de-novo gene emergence, gene duplication, and multigene family dynamics. Population-scale genomic analyses re- veal extraordinary copy number variation and population-specific expansion within large gene families. In zebrafish, NLR immune genes show both massive copy number diver- sification and striking sequence homogenization, reflecting ongoing forces of duplication and concerted evolution. Studies of beetle odorant receptor genes uncover a highly dy- namic and population-structured gene repertoire, displaying patterns of birth-and-death evolution and tandem gene duplication events. A detailed examination of the BORIS (CTCFL) gene across bird species demonstrates recurrent and lineage-specific gene loss within neognathous birds, associated with relaxed selective constraints and the accumu- lation of repetitive elements. Collectively, these studies demonstrate how gene dupli- cation, diversification, and loss interact as intertwined processes that generate genomic novelty and functional diversity, forming the foundation of organismal adaptation. The thesis highlights the importance of population-level and comparative approaches for un- derstanding the evolutionary mechanisms underlying genome complexity and adaptation across taxa.
| Item Type: | Thesis (PhD thesis) |
| Translated title: | Title Language Herkunft und Schicksal duplizierter Gene
Drei Fallstudien in Fischen, Vögeln und Käfern German |
| Translated abstract: | Abstract Language Genome sind hoch dynamische Systeme, die im Rahmen evolutionärer Prozesse von
einer Reihe an Entstehungs-, Diversifizierungs- und Verlustmechanismen geformt wer-
den. Diese Dynamik ist ein Antrieb für Anpassungsprozesse an Umweltbedingungen. Die
vorliegende Arbeit liefert eine vergleichende Analyse zu Ursprung, Schicksal und evolu-
tionärer Bedeutung duplizierter Gene, illustriert durch drei Beispiele in Fischen, Vögeln
und Käfern. Die einleitenden Kapitel geben einen Überblick über Theorien moleku-
larer Evolution, mit Schwerpunkt auf Modellen zur Genenstehung und zum Genverlust.
Es werden de-novo Gen-Entstehung und Gen-Duplikation sowie spontaner Genverlust
und Pseudogensierung erläutert. Dabei liegt der Fokus auf evolutionären Dynamiken
von Multigen-Familien. Die genomischen Analysen auf Populationseben zeigen ausseror-
dentliche Variabilität innerhalb von Genfamilien,- sowohl auf Populationsebene als auch
auf Ebene von Individuen. Diese Variabilität kann neben der Anzahl von Genkopien
auch die Zusammensetzung des Gen-Repertoires betreffen. So zeigt die Familie der
NLR-Immungene in Zebrafischen eine hohe Diversität in der Anzahl der Kopien bei
gleichzeitig grosser Sequenzhomogenität, die auf eine hohe Zahl rezenter Duplikations-
Erreigneisse in Kombination mit konzertierter Evolution hindeutet. Am Beispiel von
Odorant-Rezeptorgenen in Käfern wird demonstriert, dass hier auf Populationsebene ein
hoch strukturiertes Gen-Repertoire vorliegt, welches Anzeichen von Evolution durch fort-
laufende Gen-Entstehung und Gen-Verluste aufweist. Anhand des Verfalles des BORIS-
Gens in Vögeln wird schlussendlich exemplarisch deutlich, wie, angetrieben durch re-
duzierten Selektionsdruck und die Ansammlung repetetiver Elemente, wiederkehrende,
Linien-spezifische Mutationsereignisse in Neukiefervögeln zum fortschreitenden Verlust
des Genes führen. Zusammengefasst geben die drei Untersuchungen einen Einblick in
den Ablauf möglicher adaptiver Prozesse durch das dynamische Ineinandergreifen von
Entstehungs-, Diversifizierungs- und Verlustereignissen. German |
| Creators: | Creators Email ORCID ORCID Put Code |
| URN: | urn:nbn:de:hbz:38-793135 |
| Date: | 2025 |
| Language: | English |
| Faculty: | Faculty of Mathematics and Natural Sciences |
| Divisions: | Faculty of Mathematics and Natural Sciences > Department of Biology > Institute for Genetics |
| Subjects: | Data processing Computer science Natural sciences and mathematics |
| Uncontrolled Keywords: | Keywords Language Gene Duplication English Transcriptionfactor English CTCF English CTCFL/BORIS English Immunegenes English NLRs English Odorant Receptors English Insects English Carchares macer English Tenebrionidae English Zebrafish English Birds English UNSPECIFIED English UNSPECIFIED English |
| Date of oral exam: | 1 December 2025 |
| Referee: | Name Academic Title Wiehe, Thomas Prof. Dr Hofman, Kay Prof Dr. |
| Refereed: | Yes |
| URI: | http://kups.ub.uni-koeln.de/id/eprint/79313 |
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https://orcid.org/0000-0002-6292-4925