Palitzsch, Katja Maria ORCID: 0000-0002-6292-4925 (2025). Origin and fate of duplicated genes Three case studies from fish, birds and beetles. PhD thesis, Universität zu Köln.

[thumbnail of Inaugural Dissertation zur Erlangung des Doktorgrades der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät der Universität zu Köln] PDF (Inaugural Dissertation zur Erlangung des Doktorgrades der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät der Universität zu Köln)
Dissertation_Katja_Maria_Palitzsch.pdf - Accepted Version

Download (21MB)

Abstract

In the framework of evolution, genomes are highly dynamic systems, shaped by a large variety of mechanisms of gene gain, diversification and loss driving adaptation to envi- ronmental conditions of living organisms. This thesis provides a comparative analysis of the origin, fate, and evolutionary significance of duplicated genes, illustrated through three case studies in fish, birds, and beetles. The introductory chapters summarize the theory on molecular evolution, focusing on mechanisms such as de-novo gene emergence, gene duplication, and multigene family dynamics. Population-scale genomic analyses re- veal extraordinary copy number variation and population-specific expansion within large gene families. In zebrafish, NLR immune genes show both massive copy number diver- sification and striking sequence homogenization, reflecting ongoing forces of duplication and concerted evolution. Studies of beetle odorant receptor genes uncover a highly dy- namic and population-structured gene repertoire, displaying patterns of birth-and-death evolution and tandem gene duplication events. A detailed examination of the BORIS (CTCFL) gene across bird species demonstrates recurrent and lineage-specific gene loss within neognathous birds, associated with relaxed selective constraints and the accumu- lation of repetitive elements. Collectively, these studies demonstrate how gene dupli- cation, diversification, and loss interact as intertwined processes that generate genomic novelty and functional diversity, forming the foundation of organismal adaptation. The thesis highlights the importance of population-level and comparative approaches for un- derstanding the evolutionary mechanisms underlying genome complexity and adaptation across taxa.

Item Type: Thesis (PhD thesis)
Translated title:
Title
Language
Herkunft und Schicksal duplizierter Gene Drei Fallstudien in Fischen, Vögeln und Käfern
German
Translated abstract:
Abstract
Language
Genome sind hoch dynamische Systeme, die im Rahmen evolutionärer Prozesse von einer Reihe an Entstehungs-, Diversifizierungs- und Verlustmechanismen geformt wer- den. Diese Dynamik ist ein Antrieb für Anpassungsprozesse an Umweltbedingungen. Die vorliegende Arbeit liefert eine vergleichende Analyse zu Ursprung, Schicksal und evolu- tionärer Bedeutung duplizierter Gene, illustriert durch drei Beispiele in Fischen, Vögeln und Käfern. Die einleitenden Kapitel geben einen Überblick über Theorien moleku- larer Evolution, mit Schwerpunkt auf Modellen zur Genenstehung und zum Genverlust. Es werden de-novo Gen-Entstehung und Gen-Duplikation sowie spontaner Genverlust und Pseudogensierung erläutert. Dabei liegt der Fokus auf evolutionären Dynamiken von Multigen-Familien. Die genomischen Analysen auf Populationseben zeigen ausseror- dentliche Variabilität innerhalb von Genfamilien,- sowohl auf Populationsebene als auch auf Ebene von Individuen. Diese Variabilität kann neben der Anzahl von Genkopien auch die Zusammensetzung des Gen-Repertoires betreffen. So zeigt die Familie der NLR-Immungene in Zebrafischen eine hohe Diversität in der Anzahl der Kopien bei gleichzeitig grosser Sequenzhomogenität, die auf eine hohe Zahl rezenter Duplikations- Erreigneisse in Kombination mit konzertierter Evolution hindeutet. Am Beispiel von Odorant-Rezeptorgenen in Käfern wird demonstriert, dass hier auf Populationsebene ein hoch strukturiertes Gen-Repertoire vorliegt, welches Anzeichen von Evolution durch fort- laufende Gen-Entstehung und Gen-Verluste aufweist. Anhand des Verfalles des BORIS- Gens in Vögeln wird schlussendlich exemplarisch deutlich, wie, angetrieben durch re- duzierten Selektionsdruck und die Ansammlung repetetiver Elemente, wiederkehrende, Linien-spezifische Mutationsereignisse in Neukiefervögeln zum fortschreitenden Verlust des Genes führen. Zusammengefasst geben die drei Untersuchungen einen Einblick in den Ablauf möglicher adaptiver Prozesse durch das dynamische Ineinandergreifen von Entstehungs-, Diversifizierungs- und Verlustereignissen.
German
Creators:
Creators
Email
ORCID
ORCID Put Code
Palitzsch, Katja Maria
k.palitzsch@uni-koeln.de
UNSPECIFIED
URN: urn:nbn:de:hbz:38-793135
Date: 2025
Language: English
Faculty: Faculty of Mathematics and Natural Sciences
Divisions: Faculty of Mathematics and Natural Sciences > Department of Biology > Institute for Genetics
Subjects: Data processing Computer science
Natural sciences and mathematics
Uncontrolled Keywords:
Keywords
Language
Gene Duplication
English
Transcriptionfactor
English
CTCF
English
CTCFL/BORIS
English
Immunegenes
English
NLRs
English
Odorant Receptors
English
Insects
English
Carchares macer
English
Tenebrionidae
English
Zebrafish
English
Birds
English
UNSPECIFIED
English
UNSPECIFIED
English
Date of oral exam: 1 December 2025
Referee:
Name
Academic Title
Wiehe, Thomas
Prof. Dr
Hofman, Kay
Prof Dr.
Refereed: Yes
URI: http://kups.ub.uni-koeln.de/id/eprint/79313

Downloads

Downloads per month over past year

Export

Actions (login required)

View Item View Item