Simonis, Alexander ORCID: 0000-0003-2945-9897 (2026). Development of patient-derived PcrV-antibodies targeting multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa. PhD thesis, Universität zu Köln.

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Abstract

The global rise of antimicrobial resistance represents a major public health crisis, highlighting the urgent need for novel therapies. As the pace of antibiotic discovery has declined, research has shifted toward antivirulence strategies, which disarm pathogens by neutralizing virulence factors rather than directly inhibiting bacterial growth. Such approaches are especially promising for severe, drug-resistant infections. In this context, Pseudomonas aeruginosa (PA) stands out as an opportunistic Gram-negative pathogen exhibiting extensive resistance to numerous antibiotic classes. PA is responsible for approximately 10% of all hospital-acquired infections and is an important cause of chronic pulmonary infections, particularly in individuals with underlying lung diseases such as cystic fibrosis (CF). A key virulence determinant of PA is the Type III Secretion System (T3SS), a needle-like protein complex that injects effector toxins into host cells, leading to cell death and extensive tissue damage. The needle-tip protein PcrV plays a central role in this process by facilitating effector translocation, and it has emerged as a promising target for antivirulence therapy. To identify potential T3SS inhibitors, we developed a robust, scalable screening platform based on quantifying T3SS-induced cytotoxicity in host cells. Screening over 10,000 small molecules yielded several candidates capable of reducing PA pathogenicity in vitro. Although small molecules with antivirulence activity could be identified in our study, the overall low hit rate and the need for subsequent chemical optimization to achieve favorable pharmacokinetics and safety remain major challenges. As an alternative, monoclonal antibodies (mAbs) offer several advantages, including high specificity, long half-lives, and well-established safety profiles. While the effectiveness of mAbs against viral infections is well established, the potential of the human humoral immune response to generate highly neutralizing antibacterial antibodies remains poorly understood. Following our screening for novel T3SS inhibitors, we investigated the feasibility of leveraging the natural B cell response to PA in individuals with CF, a population characterized by prolonged exposure to PA antigens due to chronic or intermittent colonization. In this study, we screened sera from 51 individuals with CF, most of whom had chronic PA infections, using a T3SS-dependent hemolysis assay. Several individuals exhibited high levels of T3SS-neutralizing IgG antibodies targeting the PcrV protein. From these individuals, we isolated and characterized PcrV-specific B cells, leading to the generation of human anti-PcrV mAbs. A subset of these mAbs demonstrated potent neutralizing activity against a range of clinical PA isolates including multidrug-resistant strains. Structural analysis by cryogenic electron microscopy showed that anti-PcrV mAbs recognized a conserved, surface-exposed C-terminal epitope of PcrV. The most effective mAbs were more potent than currently available murine-derived antibodies and led to a marked reduction in bacterial load in a mouse pneumonia model, with efficacy comparable to that of standard antibiotic treatments. In conclusion, our findings highlight the therapeutic potential of human-derived mAbs targeting the T3SS of PA. Based on our study, we developed an efficient and comprehensive approach for generating human-derived antibodies targeting the T3SS of PA. These findings support the continued preclinical and clinical development of anti-PcrV mAbs as novel prophylactic and therapeutic agents for the treatment of PA infections, including those caused by multidrug-resistant strains. Moreover, they highlight the broader potential of antivirulence strategies as a complementary approach in the fight against antibiotic resistance.

Item Type: Thesis (PhD thesis)
Translated abstract:
Abstract
Language
Die weltweite Zunahme von antimikrobiellen Resistenzen stellt eine erhebliche Bedrohung für die öffentliche Gesundheit dar und unterstreicht die dringende Notwendigkeit innovativer therapeutischer Ansätze jenseits konventioneller Antibiotika. Zunehmend richtet sich die Forschung auf Antivirulenz-Strategien. Diese verfolgen das Ziel, Krankheitserreger durch die gezielte Neutralisierung einzelner Virulenzfaktoren funktionsunfähig zu machen und dadurch die bakterielle Pathogenese zu beeinträchtigen, ohne das Wachstum der Mikroorganismen direkt zu hemmen oder sie abzutöten. Solche Ansätze könnten insbesondere bei der Therapie schwerer Infektionen mit antibiotikaresistenten Erregern von großem Nutzen sein. Ein in diesem Zusammenhang besonders relevanter Erreger ist Pseudomonas aeruginosa (PA), ein opportunistisches, gramnegatives Bakterium, das sich durch eine ausgeprägte intrinsische sowie erworbene Resistenz gegenüber zahlreichen Antibiotikaklassen auszeichnet. PA ist für etwa 10 Prozent aller nosokomialen Infektionen verantwortlich und stellt zudem eine bedeutende Ursache chronischer pulmonaler Infektionen dar, insbesondere bei Patientinnen und Patienten mit chronischen Lungenerkrankungen wie der Mukoviszidose. Ein zentraler Virulenzfaktor von PA ist das Typ-III-Sekretionssystem (T3SS), ein nadelartiger Proteinkomplex, der Toxine direkt in Wirtszellen injiziert und dort Zelltod sowie ausgeprägte Gewebeschäden verursacht. Eine Schlüsselkomponente dieses Systems ist das Nadelspitzenprotein PcrV, das eine entscheidende Rolle bei der Translokation der Toxine spielt und sich daher als vielversprechendes Ziel für antivirulente Therapieansätze etabliert hat. Zur Identifizierung potenzieller T3SS-Inhibitoren entwickelten wir eine robuste und skalierbare Screening-Plattform, basierend auf der Quantifizierung T3SS-induzierter Zytotoxizität in Wirtszellen. Das Screening von über 10.000 niedermolekularen Verbindungen ergab mehrere Kandidaten, die die Pathogenität von PA in vitro reduzieren konnten. Trotz der Identifizierung aktiver Substanzen stellt die insgesamt geringe Trefferquote sowie der nachfolgende Bedarf an chemischer Optimierung zur Sicherstellung günstiger pharmakokinetischer Eigenschaften und Sicherheitsprofile eine wesentliche Herausforderung dar. Als alternative Strategie bieten monoklonale Antikörper (mAbs) mehrere Vorteile, darunter eine hohe Spezifität, lange Halbwertszeiten und gut dokumentierte Sicherheitsprofile. Während ihre Wirksamkeit gegen virale Infektionen gut belegt ist, bleibt das Potenzial der humanen humoralen Immunantwort zur Generierung hochneutralisierender antibakterieller Antikörper bislang unzureichend verstanden. Aufbauend auf unserem Screening nach T3SS-Inhibitoren untersuchten wir daher die Möglichkeit, die natürliche B-Zell-Antwort gegen PA bei der Mukoviszidose zu nutzen, da bei dieser häufig eine langjährige Exposition gegenüber PA-Antigenen aufgrund einer chronischen oder intermittierenden Kolonisation besteht. Im Rahmen dieser Studie analysierten wir Seren von 51 Personen mit Mukoviszidose, von denen die Mehrheit eine chronische PA-Infektion aufwies, mittels eines T3SS-abhängigen Hämolyse-Assays. Mehrere Proben zeigten hohe Spiegel T3SS-neutralisierender IgG-Antikörper gegen das PcrV-Protein. Von diesen Personen isolierten und charakterisierten wir PcrV-spezifische B-Zellen, was zur Generierung humaner anti-PcrV-mAbs führte. Ein Teil dieser Antikörper wies eine ausgeprägte neutralisierende Aktivität gegenüber einer Vielzahl klinischer PA-Isolate auf, einschließlich multiresistenter Stämme. Strukturanalysen mittels Kryo-Elektronenmikroskopie zeigten, dass diese Antikörper ein konserviertes, oberflächenexponiertes C-terminales Epitop von PcrV erkennen. Die wirksamsten mAbs zeigten eine höhere Potenz als bisherige murine Antikörper und reduzierten die bakterielle Last in einem murinen Pneumonie-Modell signifikant und vergleichbar mit konventionellen Antibiotika vergleichbar war. Zusammenfassend belegen unsere Ergebnisse das therapeutische Potenzial humaner monoklonaler Antikörper, die gegen das T3SS von PA gerichtet sind. Auf Grundlage dieser Arbeit konnten wir einen effizienten und umfassenden Ansatz zur Entwicklung humaner anti-PcrV-Antikörper etablieren. Diese Erkenntnisse unterstützen die weiterführende präklinische und klinische Entwicklung solcher mAbs als neuartige prophylaktische und therapeutische Optionen zur Behandlung von PA-Infektionen, einschließlich solcher, die durch multiresistente Stämme verursacht werden. Darüber hinaus unterstreichen sie die Relevanz antivirulenter Strategien als ergänzenden Ansatz im Kampf gegen die zunehmende Antibiotikaresistenz.
UNSPECIFIED
Creators:
Creators
Email
ORCID
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Simonis, Alexander
alexander.simonis@uk-koeln.de
UNSPECIFIED
URN: urn:nbn:de:hbz:38-803984
Date: 22 May 2026
Language: English
Faculty: Faculty of Medicine
Divisions: Faculty of Medicine > Innere Medizin > Klinik I für Innere Medizin - Hämatologie und Onkologie
Subjects: Medical sciences Medicine
Uncontrolled Keywords:
Keywords
Language
Pseudomonas aeruginosa
UNSPECIFIED
antibacterial antibodies
UNSPECIFIED
Type Three Secretion System
UNSPECIFIED
Date of oral exam: 28 April 2926
Referee:
Name
Academic Title
Maier, Berenike
Prof. Dr.
Klein, Florian
Prof. Dr.
Wardemann, Hedda
Prof. Dr.
Refereed: Yes
URI: http://kups.ub.uni-koeln.de/id/eprint/80398

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