Krämer, Johannes Caspar ORCID: 0000-0003-3585-6485 (2026). Mechanics of Tissue Renewal: Stem Cell Dynamics, Self-Organisation, and Response. PhD thesis, Universität zu Köln.

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Abstract

Epithelial tissues experience constant wear and tear, which requires a well orchestrated renewal mechanism to preserve structural integrity and functional homeostasis. Lost cells are replaced by a finely tuned cascade of cell division and differentiation. Stem cells are at the top of this cascade and give rise to differentiated progeny. Yet, it remains unclear how cell division and differentiation are regulated and what controls cellular organisation in tissues. Mechanical feedback on growth is a possible control mechanism for cell divisions. In this work we investigate how the interplay of intercellular mechanical interactions and its feedback on growth influence stem cell dynamics and self-organisation in two distinct cell-fate models. We employ a particle-based simulation framework in which each cell is represented by two particles subject to active growth forces. Division is triggered when their separation exceeds a threshold, while apoptosis occurs stochastically. Cells interact as soft adhesive spheres, and dissipative particle dynamics account for fluctuations and energy dissipation. Cell–cell interactions, in conjunction with active growth, establish an explicit mechanical feedback mechanism on cellular growth, thereby implicitly regulating the rate of cell division. First, we study the textbook picture of epithelial tissue renewal in which stem cells divide asymmetrically to produce one stem cell and one transient amplifying cell. The latter undergo a finite number of symmetric divisions--increasing the total cell mass--prior to terminal differentiation and loss. We observe emergent superdiffusive motion of stem cells driven by the proliferation of their progeny. Further, stem cells are spatially separated, surrounded by offspring in small confined proliferating units. Stem cell separation is caused by an effective stem cell repulsion, mediated by proliferating daughter cells. The static structure is quantitatively described by an effective equilibrium analogy in which stem cell pairs interact via a repulsive exponentially decaying potential, with a characteristic length scale determined by the number of amplifying division cycles. In a second cell fate model we allow for symmetric stem cell self-renewal, which enables dynamic adaption of the stem cell number. The combination of constant differentiation rates and implicit control of division rates by mechanical feedback leads to a well-defined tissue composition. We develop an analytical theory that predicts population stability and global composition across a broad parameter range, including transitions between stem-cell-rich, stem-cell-rare, and stem-cell-depleted regimes. We focus on the biologically relevant regime for most epithelial tissues: a rare, slowly cycling stem cell population. In this regime, simulations reveal that stem cells organize into stable, spatially confined niches, with a small but finite number of cells. Transit-amplifying cells replenish depleted regions but cannot sustain indefinite clonal expansion, preserving stem cells as the long-term source of tissue maintenance. To measure the response in self-renewed tissues, we develop a novel framework to quantify the mechanical response coefficient from number fluctuations. From mechanical feedback we map the growth equation onto an Ornstein–Uhlenbeck-like process governing the fluctuation dynamics of a cell population, from which we derive a set of static and dynamic observables to characterize the fluctuation–response properties of the tissue. Analysis of two-particle growth (2PG) simulations demonstrates that this approach is well-suited to measure tissue response from steady-state fluctuations. Furthermore, we demonstrate that this analysis allows to identify additional complexity, like memory in the growth feedback. In another multi-scale simulation model of cellular growth, our analysis enables one to measure the response coefficients, which was previously unfeasible. Compared to the 2PG model, we find even stronger memory effects that may also be present in real biological tissue. In conclusion, we show how the microscopic details of cell fate and mechanical cell-cell interactions shape the stem cell organisation. We introduce novel analysis methods to quantify the spatio-temporal pattern and dynamics in tissues. Our results indicate that these tools can support future experiments and provide more detailed insights in the underlying mechanisms of multi-cellular tissues.

Item Type: Thesis (PhD thesis)
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Abstract
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Epithelgewebe sind ständiger Abnutzung ausgesetzt, was einen gut abgestimmten Mechanismus zur Erneuerung erfordert, um die strukturelle Integrität und funktionelle Homöostase aufrechtzuerhalten. Zellverlust wird durch eine genau abgestimmten Kaskade von Zellteilung und Differenzierung ausgeglichen. Stammzellen stehen am Beginn dieser Kaskade und bringen differenzierte Nachkommen hervor. Jedoch bleibt unklar, wie Zellteilung und Differenzierung reguliert werden und was die Organisation von Zellen in Geweben beeinflusst. Mechanische Rückkopplung auf das Wachstum ist ein möglicher Kontrollmechanismus der Zellteilung. In dieser Arbeit untersuchen wir in zwei unterschiedlichen Differenzierungsmodellen, wie das Zusammenspiel interzellulärer mechanischer Wechselwirkungen und deren Rückkopplung auf das Zellwachstum die Dynamik und Selbstorganisation von Stammzellen in Geweben beeinflusst. Wir verwenden ein teilchenbasiertes Simulationsmodell, in dem jede Zelle durch zwei Punktteilchen dargestellt wird, auf die eine aktive Wachstumskraft einwirkt. Die Zellteilung wird durchgeführt, wenn der Teilchenabstand einen Grenzwert überschreitet, während die Apoptose stochastisch abläuft. Zellen wechselwirken durch ein Lennard-Jones ähnliches Potential miteinander wie weiche, aneinander haftende Kugeln, und die dissipative Teilchendynamik berücksichtigt Fluktuationen und Energieverlust. Zell-Zell-Wechselwirkungen bilden in Verbindung mit dem aktiven Wachstum einen expliziten mechanischen Rückkopplungsmechanismus für das Zellwachstum und regulieren dadurch implizit die Rate der Zellteilung. Zunächst untersuchen wir das Lehrbuchmodell zur Erneuerung von Epithelgeweben, in dem sich Stammzellen asymmetrisch teilen und dabei je eine Stammzelle sowie eine kurzlebige (transiente) proliferierende Zelle hervorbringen. Letztere durchläuft eine endliche Anzahl symmetrischer Teilungen, wodurch die Gesamtzellmasse zunimmt, bevor sie abschließend differenziert und verloren geht. Wir beobachten eine superdiffusive Bewegung der Stammzellen, die durch die Vervielfältigung ihrer Nachkommen angetrieben wird. Darüber hinaus sind Stammzellen räumlich voneinander getrennt und von ihren Nachkommen in kleinen, begrenzten Wachstums-Einheiten umgeben. Die räumliche Trennung der Stammzellen wird durch eine effektive Abstoßung der Stammzellen verursacht, welche von den sich teilenden Tochterzellen erzeugt wird. Die statische Struktur kann quantitativ mithilfe einer Analogie des effektiven Gleichgewichts beschrieben werden, in der Stammzellpaare über ein repulsives exponentiell abfallendes Potential wechselwirken, wobei die charakteristische Längenskala durch die Anzahl der Teilungszyklen von transienten Zellen bestimmt wird. In einem zweiten Differenzierungsmodell betrachten wir die symmetrische Selbsterneuerung von Stammzellen, was eine dynamische Anpassung der Stammzellzahl ermöglicht. Die Kombination von konstanten Differenzierungsraten und implizit durch mechanische Rückkopplung gesteuerten Teilungsraten führt zu einer klar festgelegten Zusammensetzung des Gewebes. Wir entwickeln eine analytische Theorie, die die Stabilität der Population und deren globale Zusammensetzung über einen weiten Parameterbereich hinweg beschreibt, einschließlich Übergängen zwischen Zustanden, in denen Stammzellen überwiegen, spärlich vorkommen, oder ihr Vorkommen erschöpft ist. Wir konzentrieren uns weiter auf den für die meisten Epithelgewebe biologisch relevanten Zustand: eine geringe, sich langsam teilende Stammzellpopulation. In diesem Zustand zeigen Simulationen, dass sich Stammzellen in stabilen, räumlich begrenzten Nischen mit einer kleinen, aber endlichen Anzahl organisieren. Transiente Zellen füllen stammzellfreie Regionen wieder auf, können jedoch keine unbegrenzte Klon-Ausbreitung erreichen, während Stammzellen als langfristige Quelle für die Erneuerung des Gewebes erhalten bleiben. Um die Anpassungsreaktion von sich selbst erneuernden Geweben zu messen, entwickeln wir einen neuartigen Ansatz zur Messung der mechanischen Reaktion anhand von Fluktuationen in der Zellzahl. Ausgehend von mechanischer Rückkopplung bilden wir die Wachstumsdynamik eines zellulären Gewebes auf einen Ornstein-Uhlenbeck-ähnlichen Prozess ab, um die Fluktuationsdynamik der Zellpopulation zu beschreiben. Daraus leiten wir eine Reihe statischer und dynamischer Observablen ab, um die Fluktuations-Antwort-Eigenschaften des Gewebes zu bestimmen. Die Analyse von Simulationen des Zwei-Teilchen-Wachstums (2PG) zeigt, dass dieser Ansatz gut geeignet ist, um die Anpassungsreaktion des Gewebes mittels Fluktuationen um den stationären Gleichgewichtszustand zu messen. Darüber hinaus zeigen wir, dass diese Analyse es ermöglicht, zusätzliche Komplexität eines Systems zu identifizieren, wie beispielsweise einen Gedächtniseffekt, der dem Kontrollmechanismus des Zellwachstums zugrunde liegt. In einem weiteren Simulationsmodell, das verschiedene Aspekte des Zellwachstums vereint, ermöglicht unsere Analyse die Messung der Anpassungsreaktion, was zuvor nicht möglich war. Im Vergleich zum 2PG-Modell finden wir noch stärkere Gedächtniseffekte, die möglicherweise auch in realen biologischen Geweben vorhanden sind. Zusammenfassend zeigen wir, wie die mikroskopischen Details des Zellschicksals und die mechanischen Zell-Zell-Wechselwirkungen die Organisation von Stammzellen prägen. Wir stellen neuartige Analysemethoden vor, mit denen sich die räumlichen und zeitlichen Muster und Dynamik in Geweben quantifizieren lassen. Unsere Ergebnisse lassen erkennen, dass diese Methoden zukünftige Experimente unterstützen und detailliertere Einblicke in die zugrunde liegenden Mechanismen mehrzelliger Gewebe liefern können.
German
Creators:
Creators
Email
ORCID
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Krämer, Johannes Caspar
kraemer.jc@gmail.com
UNSPECIFIED
URN: urn:nbn:de:hbz:38-811112
Date: 2026
Language: English
Faculty: Faculty of Mathematics and Natural Sciences
Divisions: Außeruniversitäre Forschungseinrichtungen > Forschungszentrum Jülich
Subjects: Physics
Uncontrolled Keywords:
Keywords
Language
Tissue Renewal
English
Simulations
English
Stem Cells
English
Self-Organisation
English
Mechanically regulated growth
English
Cellular systems
English
Theory
English
Date of oral exam: 13 July 2026
Referee:
Name
Academic Title
Elgeti, Jens
Prof. Dr.
Krug, Joachim
Prof. Dr.
Refereed: Yes
URI: http://kups.ub.uni-koeln.de/id/eprint/81111

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