Universität zu Köln

Manske, Magnus (2006). GENtle, a free multi-purpose molecular biology tool. PhD thesis, Universität zu Köln.

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Abstract

A result of modern techniques in molecular biology, especially DNA sequencing, is the exponentially growing amount of available data. Besides giant, specialized databases, which are accessible over the Internet, all work groups in the field of molecular biology today need to handle, modify, analyze and store sequence information. This trend notwithstanding, general purpose software for these tasks often suffers from severe drawbacks. Free software exists, but is often hard to set up and operate for users on today's point-and-click interfaces, and usually leads to the application of a patch-work of multiple, only partially compatible tools and web services. Commercial software often covers only parts of the required functions, and tends to lock the user into proprietary formats. In my thesis, I have developed GENtle, a free, multi-purpose bioinformatics software, seamlessly integrating diverse applications for every-day lab use in a single package. It was designed for easy and intuitive use, while providing many powerful functions. This C++ application runs on multiple platforms, is optimized for performance, and includes database interfaces for easy sequence management. It features DNA and protein sequence management and analysis, virtual cloning, gels, and PCR, primer design, alignment generation and layout, chromatogram and image display, as well as many related functions. GENtle strives to satisfy the need for an easy and comfortable, yet powerful multi-purpose tool. One design goal of GENtle was "instant responsiveness". Likewise, consistent display and handling are of great importance. GENtle has been outfitted with modules for DNA and protein sequence management, editing, and analysis, primer design, virtual PCR, alignments, virtual gels, a plethora of import and export formats, integrated database management, internet search functionality, an auto-update mechanism, and a number of integrated tools. GENtle is free software licensed under the GPL and available for Windows, Mac OSX, and Linux in several languages. As such, it is already in use in research groups worldwide.

Item Type:	Thesis (PhD thesis)
Translated title:	Title Language GENtle, ein freies, multifunktionales Werkzeug für die Molekularbiologie German
Translated abstract:	Abstract Language Als Resultat moderner molekularbiologischer Technologien, nicht zuletzt der DNA-Sequenzierung, wächst das Volumen biologischer Daten seit Jahren exponentiell. Neben großen, hochspezialisierten Datenbanken, die über das Internet zur Verfügung stehen, ergibt sich für alle Arbeitsgruppen die Notwendigkeit, Sequenzen zu analysieren, modifizieren und organisieren. Trotzdem leidet die dafür notwendige Software häufig an Problemen: Existierende, freie Software deckt oft nur einen kleinen Teil der notwendigen Funktionen ab, ist schwer zu installieren und zu bedienen; kommerzielle Software ist nicht selten auf eine Funktionsgruppe spezialisiert, und zwingt den Benutzer in proprietäre Formate. Im Rahmen meiner Doktorarbeit habe ich GENtle entwickelt, ein freies Programm mit einem breiten Spektrum molekularbiologischer Funktionen für den täglichen Bedarf im Labor, die sich übergangslos in ein Paket integrieren. Dieses in C++ geschriebene Programm läuft auf mehreren Betriebssystemen, wurde auf Geschwindigkeit optimiert und stellt eine Datenbank-basierte Sequenzverwaltung zur Verfügung. Die Funktionen von GENtle umfassen die Verwaltung, Bearbeitung und Analyse von DNA- und Aminosäuresequenzen, virtuelle Klonierung, Gele, PCR, Primer-Erstellung und -Optimierung, Erstellung und Layout von Alignments, Chromatogramm- und Gelbilddarstellung, sowie zahlreiche zugehörige Funktionen. Ziel meiner Entwicklung war es, ein leistungsstarkes, breit angelegtes und dennoch einfach zu bedienendes System zu entwickeln. GENtle hat sich inzwischen nicht nur in unserer Arbeitsgruppe, sondern in Labors weltweit bewährt. German
Creators:	Creators Email ORCID ORCID Put Code Manske, Magnus magnus.manske@web.de UNSPECIFIED UNSPECIFIED
URN:	urn:nbn:de:hbz:38-19076
Date:	2006
Language:	English
Faculty:	Faculty of Mathematics and Natural Sciences
Divisions:	Faculty of Mathematics and Natural Sciences > Department of Chemistry > Institute of Biochemistry
Subjects:	Life sciences
Uncontrolled Keywords:	Keywords Language Bioinformatik Molekularbiologie Klonierung Sequenzen German Bioinformatics cloning sequences English
Date of oral exam:	28 November 2006
Referee:	Name Academic Title Klein, Helmut W. Prof. Dr.
Refereed:	Yes
URI:	http://kups.ub.uni-koeln.de/id/eprint/1907