Kuhlmann, Luca (2024). Detection of circulating tumor DNA in early-stage lung cancer with ultra-deep targeted sequencing. PhD thesis, Universität zu Köln.

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Abstract

Liquid biopsy is a newly developed method that could be a possibility for the early detection of lung cancer. Tumor cells or tumor cell components are detected in the patient's blood. New sequencing methods make it possible to detect mutations in the circulating cell-free DNA, the circulating tumor DNA. Mutations found in the circulating cell-free DNA do not necessarily originate from the tumor. Cells that have been damaged during mitosis die through apoptosis and the DNA enters the bloodstream. This phenomenon is called clonal hematopoiesis and can be observed particularly in people of advanced age or with inflammation. This raises the question of whether mutations can be detected in patients with benign diseases, whether detected mutations originate from the tumor and whether the detection of circulating tumor DNA has an influence on the recurrence rate and shorter survival time of patients. To investigate these questions, blood was taken from 74 patients with stage I-IIIB NSCLC in the period from March 2017 to November 2019 immediately before surgery. In addition, blood was also taken from nine patients with benign diseases. The DNA was examined using next generation sequencing. To check whether the mutations found originated from the tumor, DNA was extracted from tumor cells in 9 patients, sequenced and compared with the mutations found in the plasma. A two-year follow-up was then carried out. Samples from 74 patients with NSCLC were examined. Of these, 6 patients were excluded from the study. 32 patients were in stage I, 18 in stage II, 17 in stage IIIA and one in stage IIIB. Overall, cell-free tumor DNA was detected in 73% of the samples examined. 43% of the patients in stage I, 72% in stage II and 88% in stage III. 11 The KMT2D is the most frequently detected gene in our study. Mutations of the TP53 were detected more frequently in smokers and in patients with squamous cell carcinoma. A total of 29% of mutations found in the tumor were detectable in the plasma and 74.6% of the mutations found in the plasma were detectable in the tumor. This can probably be explained by the fact that the circulating tumor DNA is very fragile and at the same time DNA was not extracted from all cells of the tumor, but only from small sections of the tumor. A mutation in FGFR could only be shown in 5 cases. In 3 of these 5 cases, the tumor recurred within the follow-up period. This could be an indication that mutations in this gene are associated with an increased recurrence rate and an associated shorter survival time. 14% of patients without cell-free tumor DNA detection suffered a recurrence and 24% of patients with positive detection. In conclusion, it can be said that this study shows that liquid biopsy provides important approaches for individualized therapy. But it became clear that the more detection or individual genes are not sufficient to be able to make a reliable statement. Further studies need to look more closely at various influencing factors.

Item Type: Thesis (PhD thesis)
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TitleLanguage
Nachweis von zirkulierender Tumor-DNA bei Lungenkrebs im Frühstadium mit gezielter SequenzierungGerman
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AbstractLanguage
Insbesondere in der Früherkennung von Lungenkrebs liegt eine große Herausforderung, da Symptome häufig erst im fortgeschrittenen Stadium auftreten und die Erkrankung zu weit fortgeschritten ist, um einen kurativer Therapieansatz zu verfolgen. Die Liquid Biopsy ist eine neu entwickelte Methode, die ein möglicher Ansatzpunkt für die Krebsfrüherkennung sein könnte. Hierbei werden Tumorzellen oder Tumorzellbestandteile im Blut der Patienten nachgewiesen. Durch neue Sequenziermethoden, wie der digitalen droplet PCR und Next Generation Sequencing, ist es möglich Mutationen in der zirkulierenden zellfreien DNA festzustellen, der sogenannten zirkulierende Tumor DNA. Die Isolation ist aufgrund der Fragilität und der kurzen Halbwertszeit von 2,5 h schwierig. Des Weiteren zeigte sich, dass gefundene Mutationen in der zirkulierenden zellfreien DNA nicht zwangsläufig von dem Tumor stammen. Zellen, die bei der Mitose geschädigt wurden, sterben durch die Apoptose ab und die DNA tritt in die Blutbahn ein. Dieses wurde insbesondere bei Blutzellen beobachtetet. Dieses Phänomen nennt sich Clonal Hematopoiesis und ist insbesondere bei Menschen in höherem Lebensalter oder mit Entzündungen zu beobachten. Die Clonal Hematopoiesis ist eine der größten Herausforderungen der Liquid Biopsy. Um die Problematik der Clonal Hematopoiesis zu lösen, ist es notwendig die mutierten Gene und ihre Eigenschaften zu kennen. Hierbei stellt sich die Frage, ob Mutationen in Patienten mit benignen Erkrankungen nachzuweisen sind, ob nachgewiesene Mutationen aus dem Tumor stammen und ob der Nachweis von zirkulierender Tumor DNA einen Einfluss auf die Rezidivrate und eine kürze Überlebensdauer der Patienten hat. 9 Um diesen Fragen nachzugehen, wurde 74 Patienten mit NSCLC im Stadium I-IIIB im Zeitraum vom März 2017 bis November 2019 unmittelbar vor der Operation Blut abgenommen. Zusätzlich wurden bei neun Patienten mit benignen Erkrankungen ebenfalls Blut abgenommen und untersucht. Innerhalb von 2 Stunden wurde das Blut zentrifugiert und das gewonnene Plasma und die Interphase bei – 80 ° C eingefroren. Die DNA aus den Leukozyten wurde analysiert und diente als Baseline DNA. Anschließend wurde die zirkulierende zellfreie DNA aus dem Plasma gewonnen und auch durch Next Generation Sequencing und ein Genpanel, welches 85 Gene umfasst, untersucht und mit der Baseline DNA verglichen. Hier konnten Mutationen herausgearbeitet werden, die als zirkulierende Tumor DNA bezeichnet werden. Um zu überprüfen, ob die gefundenen Mutationen aus dem Tumorstammen wurde 9 Patienten DNA aus Tumorzellen extrahiert, sequenziert und mit den im Plasma gefundenen Mutationen verglichen. Anschließend wurde ein Follow up über zwei Jahre durchgeführt. Es wurden die Proben von 74 Patienten mit NSCLC untersucht. Hiervon wurden 6 Patenten aus der Studie ausgeschlossen. 32 Patienten befanden sich in Stadium I, 18 in Stadium II, in Stadium IIIA 17 und einer in Stadium IIIB. Insgesamt konnte bei 73% der untersuchten Proben zellfreie Tumor DNA nachgewiesen werden. 43% bei den Patienten in Stadium I, 72% in Stadium II und 88% in Stadium III. Es konnte gezeigt werden, dass das T-Stadium und somit das metabolische Tumorvolumen einen starken Einfluss auf den Nachweis zellfreier Tumor DNA aufweist. Dies war für das N-Stadium nicht möglich. Ein Erklärungsansatz hierfür ist der damit verbundene höhere Zellumsatz, vermehrte Nekrosen und die stärkere Infiltration von Blutgefäßen. Das Gen KMT2D ist das am häufigsten detektierte Gen in unserer Studie. Dieses Gen codiert Methyltransferasen und es besteht eine Interaktion zu P53. Mutationen des Gens TP53 konnten vermehrt bei Rauchern und bei Patienten mit einem Plattenepithelkarzinom festgestellt werden. In frühen Stadien konnte wesentlich weniger nachzuweisen werden (9 % in Stadium I), als bei Patienten im Stadium III (37%). 69% der TP53 Mutationen, die im Tumor gefundenen wurden, waren im Plasma nachweisbar. Insgesamt 29% der im Tumor gefundenen Veränderungen waren im Plasma detektierbar und 74,6% der im Plasma gefunden Mutationen im Tumor nachweisbar. Dies lässt sich wahrscheinlich dadurch erklären, dass die zirkulierenden Tumor DNA sehr fragil ist und gleichzeitig wurde die DNA nicht aus allen Zellen des Tumors gewonnen, sondern lediglich aus kleinen Abschnitten des Tumors. Diese Ergebnisse untermauern die Annahme, dass sich einzelne Gene nicht zur Tumorfrüherkennung eigenen. Eine Mutation in FGFR-Genen konnte nur in 5 Fällen gezeigt werden. In 3 dieser 5 Fälle kam es zu einem Tumorrezidiv innerhalb der Follow up Zeit. Dies könnte ein Hinweis darauf sein, dass Mutationen in diesem Gen mit einer erhöhten Rezidivrate und einer damit verbundenen kürzeren Überlebensdauer, einhergehen. Das 2-Jahres Follow up konnte bei 76% der 10 Studienteilnehmer durchgeführt werden. 14% der Patienten ohne zellfreie Tumor DNA- Nachweis erlitten ein Rezidiv und 24% der Patienten mit einem positiven Nachweis. Dies stützt die Ergebnisse vieler Studien, die einen positiven Nachweis mit einer erhöhten Rezidivrate in Verbindung bringen. Bei zwei der neun Patienten mit benignen Erkrankungen hatten keine Mutationen in der zirkulierenden zellfreien DNA. Insbesondere bei Patienten mit entzündlichen Prozessen war die Anzahl der Mutationen im Plasma überdurchschnittlich hoch. Dieses unterstreicht die Hypothese der Clonal Hematopoieses. Abschließend lässt sich sagen, dass sich im Rahmen dieser Studie zeigt, dass die Liquid Biopsy wichtige Ansätze für eine individualisierte Therapie liefert, wie der Früherkennung, dem Therapie Monitoring und als prognostischer Marker. Gleichzeitig wurde deutlich, dass der bloße Nachweis oder einzelne Gene nicht ausreichend sind, um sichere Aussage treffen zu können, sondern in weiteren Studien tiefergehend auf verschiedenen Einflussfaktoren eingegangen werden muss.German
Creators:
CreatorsEmailORCIDORCID Put Code
Kuhlmann, LucaLuca-Kuhlmann@GMX.deUNSPECIFIEDUNSPECIFIED
URN: urn:nbn:de:hbz:38-742801
Date: 2024
Language: English
Faculty: Faculty of Medicine
Divisions: Faculty of Medicine > Chirurgie > Klinik und Poliklinik für Herz- und Thoraxchirurgie
Subjects: Medical sciences Medicine
Uncontrolled Keywords:
KeywordsLanguage
Lung cancer, Liquid Biopsy, Early stage, circulating tumor DNAUNSPECIFIED
Date of oral exam: 16 September 2014
Referee:
NameAcademic Title
Alakus, HakanProfessor Dr. med.
Nogová, LuciaPrivatdozentin Dr. med.
Refereed: Yes
URI: http://kups.ub.uni-koeln.de/id/eprint/74280

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