Sandoval Silva, Claudia Tonantzi
(2025).
Catch me if you can: understanding the crosstalk of
hypoxia metabolism and chromatin dynamics.
PhD thesis, Universität zu Köln.
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Abstract
The crosstalk of metabolism and chromatin plays a central role in cellular homeostasis and the adaptative response to the environment. Hypoxia is a low oxygen condition developed when cells are exposed to oxygen levels below their functional range. These hypoxic conditions generate a concomitant metabolic and transcriptional response characterized by increasing glucose metabolism and reducing TCA cycle activity. Although the cellular response to hypoxia has been extensively characterized, recent studies have revealed a more diversified metabolic adaptation to these low oxygen conditions. Here we study how hypoxia impacts the interplay between chromatin modifications and intracellular metabolite cycling in fibroblasts cultured at 2% O2. Using a multi-omics approach, we found that deficiency of the HIF1α-target PDHK1 - a well-known inhibitor of acetyl-CoA synthesis in mitochondria - rewires use of glucose-derived acetyl-CoA to enhance FA synthesis and diminish H3K27ac. This occurs via a coordinated lipid-specific posttranscriptional response. Taken together, our data identify a new role for PDHK1 in the regulation of acetyl-CoA metabolism and provides further evidence for a close link between histone acetylation and lipid biogenesis.
| Item Type: | Thesis (PhD thesis) |
| Translated abstract: | Abstract Language Das Zusammenspiel von Metabolismus und Chromatin spielt eine zentrale Rolle für die
zelluläre Homöostase und die Anpassungsfähigkeit von Zellen an ihre Umwelt. Hypoxie ist
ein sauerstoffarmer Zustand, der entsteht, wenn Zellen einem Sauerstoffgehalt ausgesetzt
sind, der unter ihrem normalen Funktionsbereich liegt. Diese hypoxischen Bedingungen
führen zu einer gleichzeitigen Änderung des Stoffwechsels und Genexpression, die durch
eine Steigerung des Glukosestoffwechsels und eine Verringerung der Zitratzyklusaktivität
gekennzeichnet ist. Obwohl die zelluläre Reaktion auf Hypoxie bereits umfassend
charakterisiert wurde, haben neuere Studien eine komplexere metabolische Anpassung an
diese sauerstoffarmen Bedingungen aufgezeigt. Hier untersuchen wir, wie sich Hypoxie auf
das Zusammenspiel zwischen Chromatinmodifikationen und intrazellulärem Metabolismus in
Fibroblasten auswirkt, die bei 2 % O2 kultiviert werden. Mithilfe eines Multi-omics-Ansatzes
haben wir herausgefunden, dass ein Mangel des HIF1α-Zielmoleküls PDHK1 - ein bekannter
Inhibitor der Acetyl-CoA-Synthese in Mitochondrien - die Verwendung von aus Glukose
gewonnenem Acetyl-CoA ändert. Geringere PDHK1 Niveaus erhöhen die FA-Synthese und
verringern die Histonmodifikation H3K27ac. Interessanterweise wird dies auf
posttranslationaler Ebene reguliert. Zusammengenommen zeigen unsere Daten eine neue
Rolle für PDHK1 bei der Regulierung des Acetyl-CoA-Stoffwechsels und liefern weitere
Beweise für eine enge Verbindung zwischen Histonazetylierung und Lipidbiogenese German |
| Creators: | Creators Email ORCID ORCID Put Code Sandoval Silva, Claudia Tonantzi Tonantzi.sandoval@gmail.com UNSPECIFIED UNSPECIFIED |
| URN: | urn:nbn:de:hbz:38-749585 |
| Date: | 2025 |
| Language: | English |
| Faculty: | Faculty of Mathematics and Natural Sciences |
| Divisions: | Außeruniversitäre Forschungseinrichtungen > MPI for Biology of Ageing |
| Subjects: | Life sciences Medical sciences Medicine |
| Uncontrolled Keywords: | Keywords Language Chromatin, Glucose metabolism, Acetyl-CoA, Hypoxia, PDHK1 English |
| Date of oral exam: | 22 January 2024 |
| Referee: | Name Academic Title Tessarz, Peter Prof. Dr. |
| Refereed: | Yes |
| URI: | http://kups.ub.uni-koeln.de/id/eprint/74958 |
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