Bruckisch, Emanuel H. W. ORCID: 0000-0003-2551-5919 (2026). Inhibitory Postsynapse Regulation by Gephyrin Phase Separation. PhD thesis, Universität zu Köln.

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Abstract

Inhibitory synaptic transmission depends on the precise postsynaptic clustering of glycine and GABA type A receptors, a process orchestrated by the multifunctional scaffolding protein gephyrin. Gephyrin self-assembles into higher-order structures that undergo liquid-liquid phase separation (LLPS) to form the inhibitory postsynaptic density, a process driven by a complex interplay between its conserved G- and E-domains. Yet the molecular mechanisms governing this self-assembly and its dysregulation in neurological disease remain incompletely understood. This thesis provides new structural, biophysical, and cell biological insights into gephyrin self-assembly, identifying novel regulatory mechanisms operating across all of its domains and at the level of post-translational redox modification. A de novo pathogenic missense variant in the gephyrin G-domain (G134R), identified in a patient presenting with epilepsy, developmental delay, microcephaly, and short stature, is characterized in the first part of this thesis. Biochemical and cellular analyses reveal that G134R severely impairs higher-order oligomerization, LLPS and prevents synaptic cluster formation in neurons. G134R further exerts a dominant-negative effect on wild-type gephyrin, disrupting inhibitory synapse formation. These findings highlight an indispensable role for the G-domain in gephyrin self-assembly, shifting focus beyond the previously E-domain-centric view of gephyrin function and revealing a novel molecular mechanism underlying epilepsy. Building on the observation that gephyrin clustering is dynamically regulated, the second part of this thesis demonstrates that surface-exposed cysteine residues act as redox switches governing gephyrin multimerization and synaptic localization. Oxidation of these residues triggers reversible synaptic multimerization, enhancing receptor binding capacity and conferring proteolytic protection. Cys419, located at a critical interface within the E-domain important for LLPS, emerges as a key residue modulating phase separation in a redox-dependent manner. Surface-exposed cysteines are further shown to be required for maintaining fast miniature inhibitory postsynaptic current kinetics, establishing a direct link between neuronal redox state and inhibitory synapse function. Using single-particle cryo-EM, this work demonstrates that E-domain dimerization drives the formation of gephyrin filaments in which adjacent dimers are connected through Z-shaped interfaces between their subdomains II (SDII). Deletion of SDII, charge neutralization at the interface, or introduction of epilepsy-associated pathogenic variants each abolish filament formation, in vitro phase separation, and synaptic receptor clustering in hippocampal neurons, identifying E-domain filaments as the core structural scaffold underlying gephyrin phase separation and receptor clustering. Together, this thesis advances the mechanistic understanding of gephyrin self-assembly and phase separation, revealing how structural, genetic, and metabolic perturbations converge to regulate inhibitory synapse formation and, when disrupted, contribute to epilepsy and neurodevelopmental disorders.

Item Type: Thesis (PhD thesis)
Translated abstract:
Abstract
Language
Die inhibitorische synaptische Übertragung hängt von der präzisen postsynaptischen Clusterbildung von Glycin- und GABA-Typ-A-Rezeptoren ab, ein Prozess, der durch das multifunktionale Gerüstprotein Gephyrin gesteuert wird. Gephyrin ordnet sich selbst zu quervernetzten Strukturen, die eine Phasentrennung durchlaufen, um die inhibitorische postsynaptische Dichte zu bilden, ein Prozess, der durch ein komplexes Zusammenspiel zwischen seinen konservierten G- und E-Domänen angetrieben wird. Dennoch sind die molekularen Mechanismen, die diese Selbstorganisation steuern, sowie deren Dysregulation bei neurologischen Erkrankungen noch nicht vollständig verstanden. Diese Dissertation liefert neue strukturelle, biophysikalische und zellbiologische Einblicke in die Gephyrin-Selbstorganisation und identifiziert neuartige Regulationsmechanismen, die über alle Domänen hinweg sowie auf der Ebene posttranslationaler Redoxmodifikationen wirken. Im ersten Teil dieser Arbeit wird eine de novo auftretende pathogene Missense-Variante in der G-Domäne von Gephyrin (G134R) charakterisiert, die bei einer Patientin mit Epilepsie, Entwicklungsverzögerung, Mikrozephalie und Kleinwuchs identifiziert wurde. Biochemische und zelluläre Analysen zeigen, dass G134R die Oligomerisierung höherer Ordnung sowie die Phasentrennung stark beeinträchtigt und die Bildung synaptischer Cluster in Neuronen verhindert. G134R übt zudem einen dominant-negativen Effekt auf Wildtyp-Gephyrin aus und stört die Bildung inhibitorischer Synapsen. Diese Ergebnisse unterstreichen die unverzichtbare Rolle der G-Domäne bei der Selbstorganisation von Gephyrin, verlagern den Fokus weg von der bisher auf die E-Domäne ausgerichteten Sichtweise der Gephyrin-Funktion und decken einen neuartigen molekularen Mechanismus auf, der der Epilepsie zugrunde liegt. Ausgehend von der Beobachtung, dass die Clusterbildung von Gephyrin dynamisch reguliert wird, zeigt der zweite Teil dieser Arbeit, dass oberflächenexponierte Cysteinreste als Redoxschalter fungieren, die die Multimerisierung von Gephyrin und dessen synaptische Lokalisierung steuern. Die Oxidation dieser Reste löst eine reversible synaptische Quervernetzung aus, wodurch die Rezeptorbindungskapazität erhöht und ein Schutz vor proteolytischem Abbau gewährleistet wird. Cys419, das sich an einer für die Phasentrennung wichtigen kritischen Schnittstelle innerhalb der E-Domäne befindet, erweist sich als Schlüsselrest, der die Phasentrennung auf redoxabhängige Weise moduliert. Es wird ferner gezeigt, dass oberflächenexponierte Cysteine für die Aufrechterhaltung einer schnellen Kinetik des inhibitorischen postsynaptischen Miniaturstroms erforderlich sind, wodurch ein direkter Zusammenhang zwischen dem neuronalen Redoxzustand und der Funktion inhibitorischer Synapsen hergestellt wird. Mithilfe der Einzelpartikel-Kryo-EM zeigt diese Arbeit, dass die Dimerisierung der E-Domäne die Bildung von Gephyrin-Filamenten antreibt, in denen benachbarte Dimere über Z-förmige Schnittstellen zwischen ihren Subdomänen II (SDII) miteinander verbunden sind. Die Deletion der SDII, die Ladungsneutralisierung an der Schnittstelle oder die Einführung von epilepsieassoziierten pathogenen Varianten unterbinden jeweils die Filamentbildung, die in-vitro-Phasentrennung und die synaptische Rezeptorclusterbildung in Hippocampusneuronen, wodurch E-Domänen-Filamente als das zentrale strukturelle Gerüst identifiziert werden, das der Gephyrin-Phasentrennung und der Rezeptorclusterbildung zugrunde liegt. Insgesamt trägt diese Arbeit zum mechanistischen Verständnis der Gephyrin-Selbstorganisation und Phasentrennung bei und zeigt auf, wie strukturelle, genetische und metabolische Störungen zusammenwirken, um die Bildung inhibitorischer Synapsen zu regulieren, und wie Störungen dieser Prozesse zu Epilepsie und neurologischen Entwicklungsstörungen beitragen.
German
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ORCID
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Bruckisch, Emanuel H. W.
UNSPECIFIED
UNSPECIFIED
URN: urn:nbn:de:hbz:38-813228
Date: 23 July 2026
Language: English
Faculty: Faculty of Mathematics and Natural Sciences
Divisions: Faculty of Mathematics and Natural Sciences > Department of Chemistry > Institute of Biochemistry
Subjects: Chemistry and allied sciences
Life sciences
Medical sciences Medicine
Uncontrolled Keywords:
Keywords
Language
Neurobiochemistry
English
Inhibitory Synapse
English
Phase Separation
English
Date of oral exam: 23 July 2026
Referee:
Name
Academic Title
Schwarz, Günter
Prof. Dr.
Baumann, Ulrich
Prof. Dr.
Tyagarajan, Shiva
Prof. Dr.
Funders: RTG 2550 reloc (DFG funding)
Refereed: Yes
URI: http://kups.ub.uni-koeln.de/id/eprint/81322

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