Rode, Sebastian
(2017).
Flagellated and Ciliated Microswimmers.
PhD thesis, Universität zu Köln.
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Abstract
The propulsion mechanism and the swimming dynamics of various ciliated microorganisms are investigated. Ciliated microswimmers, ranging from a single flagellated sperm cell to multiciliated microswimmers, propel themselves by cilia attached to their cell membrane. The underlying complex biomachinery of a cilium, the axoneme, employs an evolutionary developed mechanism, which is tailored to generate an optimal beating pattern to propel the swimmer through the environment it encounters. In this work mesoscale hydrodynamics simulations are used to simulate the whip-like motion of the cilium at low Reynolds numbers. The particle-based approach of multi-particle collision dynamics enables simulations of self-propelled microswimmers in complex confinements where steric and hydrodynamic interactions strongly influence the swimming dynamics. Details of cilia arrangement and beat shape are critical in understanding propulsion and surface attraction. The axonemal beating of cilia and flagella is modeled by a semi-flexible polymer with periodically changing intrinsic curvature. In the spirit of a minimalistic modeling approach, the axoneme is only bend along one degree of freedom, creating a defined beat plane. The first part discusses surface attraction and guidance of sperm cells swimming in confinement. In particular, the motion of sperm in geometrically structured (zigzag) microchannels provides an interesting geometry for the manipulation and sorting of sperm cells. Sperm swim along the channel walls, but are deflected from the sidewall at sharp bends. The simulation results are in qualitative agreement with recent microfluidic experiments and provide a better insight into the mechanisms of sperm navigation under strong confinement. The effective adhesion of a sperm cell to a flat surface depends both on the envelope of its planar beat shape and on the orientation of its beat plane. A proposed self-propelled steric model explains the average deflection around corners. Further investigation of various beat patterns with increasing wavelength results in complex surface attraction dynamics of the sperm cell. The insight from the steric model helps to understand the surface attraction in terms of the beat-shape envelope. It is found that when the beat pattern exceeds a critical wavelength, the flagellum buckles and beats in a complex three-dimensional shape, which strongly increases surface attraction. Indeed, the analysis of three-dimensional experimental holographic data of freely swimming human sperm cells shows that on average the beat pattern is relatively planar but exhibits regular nonplanar components twice per beat. By comparing this high-resolution experimental data with simulation results, a possible explanation for the nonplanar beating is obtained. Simulated sperm with imposed planar bends and two orders of magnitude smaller twist than bending rigidity undergo a twist instability and exhibit a three-dimensional beat pattern. Simulations allow to map the phase space of the twist instability, which shows no dependence on the bending rigidity, but a sharp transition from planar to three-dimensional beating below a critical twist rigidity. A localized twist wave goes through the cilium, which twists the cilium at a very narrow segment close to the point of minimal in-plane bending. This creates essentially two beat planes, separating the cilium in two segments of planar beating before and after the twisting region. In the second part, propulsion and synchronization of multi-ciliated spherical swimmers with different cilia densities and arrangements are studied. Instead of pre-imposing the intrinsic curvature, a ratchet-like mechanism drives the ciliary beat pattern. Therefore, the beat period can be influenced by the flow generated from the motion of the other cilia. The propulsion velocity of ciliated spherical swimmers increases sub-linearly with increasing cilia density. Large differences in propulsion speed for equal numbers of cilia with different arrangements on the sphere are found. For symmetric ciliated swimmers, the emergence of a stable synchronization state is found to depend on the initial condition. In some symmetric 9-cilia swimmers, long stable phases of synchronization emerge. Swimmers whose phase difference increases due to phase slips have a slower propulsion velocity than swimmers which develop a constant phase-lag between cilia. Turning to an oscillator model for cilia synchronization, the emergence of metachronal coordination in different topologies above a surface is studied. The oscillators are modeled as hydrodynamically interacting spheres propelled along a circular trajectory. Non-dimensionalization of the model provides the radial confinement strength as the only control parameter. Boundary effects influence the synchronization as well as the confinement strength. In open chains of oscillators as well as in circular arrangements, stable large-scale patterns of synchronization emerge until a critical confinement strength. No long-term coordination emerges above a critical confinement strength in any of the studies topologies. Finally, the cilium model is used to simulate a tuft of cilia, modeled to describe the placement of cilia in brain ventricles of mice. It is found that the particle flux towards the surface is located in hot-spots where the flux is significantly enhanced compared to purely diffusive transport. This shows the important role of ciliary beating in molecular transport towards primary cilia on the surface of the ventricles.
| Item Type: | Thesis (PhD thesis) |
| Translated abstract: | Abstract Language Der Antriebsmechanismus und die Schwimmdynamiken verschiedenartiger
Mikroorganismen, die mit Zilien ausgestattet sind, werden untersucht. Diese
Organismen, die sich von der eingeißligen Spermazelle bis zu Mikroschwimmern
mit zahlreichen Zilien erstrecken, treiben sich selbst durch diese Cilien,
die an ihrer Zellmembran befestigt sind, an. Die zugrunde liegende, vielschichtige
Biomaschinerie eines Ziliums nutzt evolutionär entwickelte Mechanismen,
welche darauf zugeschnitten sind, ein optimales Schlagmuster zu erzeugen,
damit der Schwimmer sich in seiner Umwelt bewegen kann. In dieser Arbeit
werden mesoskopische hydrodynamische Simulationen angewendet, um die
peitschenähnliche Bewegung in niedrigen Reynolds-Zahlen zu simulieren. Die
teilchenbasierte Herangehensweise an die "multi-particle collision dynamics"
ermöglicht Simulationen von sich selbst antreibenden Mikroschwimmern,
die in komplexen Strukturen eingeschlossen sind, wo sterische und hydrodynamische
Wechselwirkungen die Schwimmdynamiken stark beeinflussen.
Einzelheiten der Anordnung und Schlagform der Zilien sind entscheidend,
um die Antriebskraft und Oberflächenanziehung zu verstehen. Der Schlag
der Zilien wird durch ein halbflexibles Polymer mit periodisch wechselnden
intrinsischen Krümmungen modelliert. Im Sinne einer minimalistischen Modellierung
wird das Zilium nur in einem Freiheitsgrad gekrümmt, damit eine
definierte Schlagebene geschaffen werden kann.
Weitere Untersuchungen verschiedener Schlagmuster mit anwachsenderWellenlänge
ergeben eine komplexe Oberflächenanziehungsdynamik der Spermazelle.
Die Erkenntnisse aus dem sterischen Modell helfen dabei, diese Oberflächenanziehung
in Bezug auf die Einhüllende des Schlagmusters zu verstehen. Es lässt sich
beobachten, dass das Schlagmuster ab einer kritischen Wellenlänge dazu führt,
dass das Filament einknickt und sich dadurch ein komplexes dreidimensionales
Schlagmuster ergibt, welches die Oberflächenanziehung stark erhöht.
Schließlich wird ein Kanaldesign mit konstanter Krümmung vorgeschlagen,
um Spermien mit einem dreidimensionalen Schlagmuster von denen mit einem
ebenen zu unterscheiden. Das zweite Kapitel analysiert dreidimensionale holographische
Experimentaldaten von frei schwimmenden menschlichen Spermazellen.
Im Mittel ist das Schlagmuster relativ eben, aber es zeigt zweimal
pro Schlag Komponenten, die nicht eben sind. Eine mögliche Erklärung für die
nicht ebenen Schläge wird gewonnen, indem man die Simulationsergebnisse
mit hoch-aufgelösten Experimentaldaten des Zilium-Schlagmusters vergleicht.
Wenn man Spermazellen mit festgelegten ebenen Biegungen und einer um zwei
Größenordnungen kleineren Verdrillungs-Steifigkeit als die Biegesteifigkeit
simuliert, erfahren diese eine Verdrillungs-Instabiltät und zeigen ein dreidimensionales
Schlagmuster. Die Simulationen ermöglichen es, den Phasenraum
der Verdrillungs-Instabilität abzubilden, die keine Abhängigkeit von der
Biegesteifigkeit aufweist, sondern einen scharfen Übergang von ebenen zu
dreidimensionalen Schlägen unterhalb einer kritischen Verdrillungs-Steifigkeit.
Eine örtlich begrenzte Verdrillungswelle läuft durch das Zilium, die das Zilium
in einem sehr engen Segment verdrillt, das nahe dem Punkt von minimaler
Biegung auf gleicher Ebene liegt. Dies bewirkt im Wesentlichen die zwei
Schlagebenen, indem es das Zilium in zwei Segmente unterteilt, nämlich vor
und nach der Verdrillungsregion.
Im zweiten Teil der Arbeit werden die Antriebskraft und die Synchronisation
von vielfach zilienbesetzten kugelförmigen Schwimmern mit unterschiedlichen
Ziliendichten und -anordnungen untersucht. Anstatt die intrinsische
Krümmung vorher festzulegen, treibt ein Mechanismus, der einer
Ratsche ähnelt, das Schlagmuster der Zilie an. Daher kann die Schlagperiode
durch die Strömung, die durch die Bewegung der anderen Zilien erzeugt
wird, beeinflusst werden. Die Antriebsgeschwindigkeit von zilienbesetzten
kugelförmigen Schwimmern steigert sich sublinear mit zunehmender Ziliendichte.
Es lassen sich große Unterschiede in der Antriebsgeschwindigkeit
gleicher Anzahlen von Zilien mit unterschiedlicher Anordnung auf der Kugel
beobachten. Für symmetrische zilienbesetzte Schwimmer zeigt sich, dass die
Entstehung einer stabilen Synchronisation vom Anfangszustand abhängt. In
einigen symmetrischen Schwimmern mit 9 Zilien entwickeln sich lange Phasen
der Synchronisation. Schwimmer, deren Phasenunterschied aufgrund von
Phasensprüngen zunimmt, haben eine langsamere Antriebsgeschwindigkeit
als Schwimmer, die eine konstante Phasenverzögerung entwickeln. Die Entstehung
von metachronaler Koordination in verschiedenen Anordnungen in der
Nähe einer Oberfläche werden untersucht, indem ein einfaches Oszillatormodell
für die Ziliensynchronisation angewendet wird. Die Oszillatoren werden
als hydrodynamisch interagierende Kugeln, die sich in einer kreisförmigen
Bahn vorwärts bewegen, modelliert. Die Entdimensionalisierung des Modells
ergibt die radiale Begrenzung als einzigen Kontrollparameter in dem Modell.
Die Synchronisation wird ebenso durch Randeffekte wie durch die Begrenzungsstärke
beeinflusst. Bis hin zu einer kritischen Begrenzungsstärke zeigen
sich stabile großformatige Synchronisationsmuster sowohl in offenen Reihen
von Oszillatoren als auch in kreisförmigen Anordnungen. Oberhalb einer kritischen
Begrenzungsstärke erscheint in keiner der untersuchten Strukturen eine
langfristige Koordination. Als letzter Schritt wird das Ziliummodell genutzt,
um ein Büschel von Zilien zu modellieren, zu dem Zweck, die Platzierung
von Zilien in den Gehirnventrikeln von Mäusen zu beschreiben. Es wird
beobachtet, dass die Partikelströmung in Richtung der Oberfläche in Häufungspunkten
lokalisiert ist, wo die Strömung, verglichen mit bloß diffusivem
Transport, deutlich gesteigert wird. Das zeigt die wichtige Rolle des Zilienschlagens
im molekularen Transport gegenüber den ursprünglichen Zilien auf
der Oberfläche der Ventrikel. German |
| Creators: | Creators Email ORCID ORCID Put Code Rode, Sebastian s.rode@fz-juelich.de UNSPECIFIED UNSPECIFIED |
| URN: | urn:nbn:de:hbz:38-82706 |
| Date: | 15 December 2017 |
| Language: | English |
| Faculty: | Faculty of Mathematics and Natural Sciences |
| Divisions: | Faculty of Mathematics and Natural Sciences > Department of Physics > Institute for Theoretical Physics |
| Subjects: | Natural sciences and mathematics Physics Life sciences |
| Uncontrolled Keywords: | Keywords Language microswimmer English sperm English hydrodynamics English cilia English |
| Date of oral exam: | 15 December 2017 |
| Referee: | Name Academic Title Gompper, Gerhard Prof. Dr. Kaupp, Benjamin Prof. Dr. |
| Refereed: | Yes |
| URI: | http://kups.ub.uni-koeln.de/id/eprint/8270 |
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