Universität zu Köln

Gromadzka, Agnieszka Marta (2014). Identification of determinants for export factors binding to spliced mRNAs. PhD thesis, Universität zu Köln.

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Abstract

The export of messenger RNAs serve as the final posttranscriptional steps of gene expression in the nucleus. The formation of export-competent mRNPs involves the recruitment of export factors, which facilitate transport of mature, processed mRNPs to the cytoplasm. This study provides a comprehensive analysis of all mammalian export factors. It shows that a core set of export factors including ALYREF, UAP56, and DDX39 readily associate with spliced RNAs in a cap-dependent manner. In contrast, no stable interaction of the export receptor NXF1 or components of the THO-complex was observed. A detailed analysis of ALYREF showed that UAP56 interaction is dispensable, whereas structural integrity of N-and C-terminal regions are essential for RNA binding. Notably, mutating a short conserved motif in an unstructured region of ALYREF abolished the interaction with RNA and proper localization to nuclear speckles. This results provide important details of the orchestrated recruitment of export factors during the formation of export-competent mRNPs.

Item Type:	Thesis (PhD thesis)
Translated abstract:	Abstract Language Der Export von Boten-RNAs ist der finale posttranskriptionelle Schritt der Genexpression im Zellkern. Die Bildung von Export-kompetenten mRNPs beinhaltet die Rekrutierung von Exportfaktoren, die den Transport von reifen, prozessierten mRNPs in das Zytoplasma vermitteln. Diese Studie liefert eine umfassende Analyse aller Säugetier Exportfaktoren. Sie zeigt, dass ein Kernsatz von Exportfaktoren, einschließlich ALYREF, UAP56 und DDX39, gespleißte RNAs in einer 5′-Cap abhängigen Weise binden. Im Gegensatz dazu, wurde keine stabile Interaktion des Exportrezeptor NXF1 oder Komponenten des THO-Komplexes mit RNAs beobachtet. Eine detaillierte Analyse von ALYREF zeigte, dass die Interaktion mit UAP56 für die Assoziation mit mRNAs nicht notwendig ist, während die strukturelle Integrität der N- und C- terminalen Bereiche für die RNA-Bindung essentiell sind. Bemerkenswert ist, dass die Mutation eines kurzen, konservierten Motivs in einem unstrukturierten Bereich von ALYREF, die Interaktion mit RNA und die korrekte Lokalisierung in nukleären „Speckles“ unterbindet. Diese Ergebnisse liefern wichtige Details zur organisierten Rekrutierung von Exportfaktoren während der Bildung von Export-kompetenten mRNPs. German
Creators:	Creators Email ORCID ORCID Put Code Gromadzka, Agnieszka Marta UNSPECIFIED UNSPECIFIED UNSPECIFIED
URN:	urn:nbn:de:hbz:38-60238
Date:	24 November 2014
Language:	English
Faculty:	Faculty of Mathematics and Natural Sciences
Divisions:	Faculty of Mathematics and Natural Sciences > Department of Biology > Institute for Genetics
Subjects:	Life sciences
Uncontrolled Keywords:	Keywords Language mRNA export English
Date of oral exam:	13 January 2015
Referee:	Name Academic Title Gehring, Niels H. Priv-Doz. Dr. Schnetz, Karin Prof. Dr.
Refereed:	Yes
URI:	http://kups.ub.uni-koeln.de/id/eprint/6023